Assemblée qui regroupe des représentants des collectivités territoriales, de l'administration gestionnaire, des fédérations de pêche, des usagers, des concessionnaires, des propriétaires et des scientifiques, chargée d'établir le plan de gestion des poissons migrateurs, en eau douce et en mer. Le comité de gestion des poissons migrateurs est chargé entre autres de donner un avis sur le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et sur les schémas d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE). Ses membres sont nommés pour cinq ans par le préfet coordonnateur de bassin, qui en est le président. Il existe aujourd'hui 8 comités de gestion sur le territoire métropolitain, correspondant globalement aux grands bassins hydrographiques français.