El Niño est un phénomène climatique d'une périodicité de 2 à 7 ans. Il se manifeste par un réchauffement de l'Océan Pacifique tropical et un affaiblissement ou une disparition des alizés.
En conditions "habituelles", une zone cyclonique située au milieu du Pacifique chasse les eaux chaudes superficielles par des vents du sud-est vers l’Australie et les Philippines et provoque des remontées d’eaux froides des profondeurs sur les côtes du Pérou (upwelling).
Lors d'un phénomène El Niño, l'activité convective de la zone cyclonique diminue dans le Pacifique Ouest. La circulation d'ouest en altitude diminue ou cesse, ce qui coupe l'apport d'air froid dans le Pacifique Est, et le flux de retour d'Est de surface faiblit. L'eau chaude accumulée dans le Pacifique Ouest rejoint l'Amérique du Sud, occasionnant un réchauffement de la température de surface de la mer dans ce secteur en plus de perturber les courants marins, et des températures inhabituelles apparaissent aux deux Amériques, en Australie et en Afrique du Sud-Est.
Les précipitations fortement modifiées se concentrent sur l'Océan Pacifique tropical plutôt que sur les continents, occasionnant une augmentation temporaire du niveau moyen marin.