Loi apportant les modifications nécessaires au cadre législatif pour appliquer les nombreuses directives européennes définissent des normes de qualité auxquelles doivent satisfaire les eaux pour certains usages (eau potable, eaux de baignade, eaux piscicoles, eaux conchylicoles). Elle reconnaît la ressource en eau comme "patrimoine commun de la Nation". Elle introduit la notion d’unité de la ressource en matière de gestion. Les mesures de protection s’appliquent en effet "aux eaux superficielles et souterraines, et aux eaux de mer dans la limite des eaux territoriales ".
Un des points forts de la loi du 3 janvier 1992 est l'instauration des deux nouveaux systèmes de planification globale de la ressource en eau : les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) pour chacun des grands bassins hydrographiques français, et les schémas d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE) élaborés à une échelle plus locale. Contrairement à la loi de 1964, la loi de 1992 n'implique aucune obligation de surveiller des milieux mais elle renforce les principes de protection des écosystèmes aquatiques et de concertation entre usagers et acteurs de l'eau. L'évolution des connaissances fait par ailleurs prendre conscience que l'évaluation de la qualité des cours d'eau doit se faire en considérant les différents compartiments que sont le milieu (eau et substrat) et les organismes qui y vivent.