Rencontre entre les courants marins et les rivières… Ces étangs ou plans d'eau, souvent de faible profondeur, situés le long du littoral, sont séparés de la mer par une bande de sable : le lido. Ils reçoivent de l’eau douce, principalement par les cours d’eau, et sont reliés à la mer par un chenal que l’on appelle grau.
Ce mélange d’eau douce et d’eau salée, sa variabilité au cours des saisons et des années font la richesse et la particularité des lagunes. Chaque lagune constitue un paysage et un milieu de vie uniques, en permanente évolution.
Étendue d'eau, généralement peu profonde, qui longe la mer dont elle est séparée par une bande étroite de terre nommée « cordon littoral », et avec laquelle elle est en général en communication par des passes étroites ensablées en période d'étiage. Elle est en général alimentée en eau douce à partir d'un bassin versant qui lui est propre. Des échanges avec la mer rendent souvent son eau plus ou moins saumâtre suivant les saisons (par des « passes » ou « graus »). Les lagunes sont fréquentes sur les rivages de mers sans forte marée et à riches apports sédimentaires (par exemple, la Méditerranée, le Golfe de Guinée, le Golfe du Mexique, etc.).
Les eaux lagunaires font état d’une grande diversité de salinité. Deux grandes catégories doivent être distinguées : les lagunes poly-euhalines (plus salées) d’une part et les lagunes oligo-mésohalines(peu salées) d’autre part. La distinction physique entre ces deux types, hors critères anthropiques, se fait sur le degré de communication avec la mer (présence de grau et de lido) ainsi que sur la surface des lagunes et de leur bassin versant.